蒸汽滅菌器有多種不同的種類，按照其冷空氣排放的方式不同，可以被分為下排氣式壓力蒸汽滅菌器和預真空壓力蒸汽滅菌器二大類。

  下排氣式壓力蒸汽滅菌器也稱重力置換式壓力蒸汽滅菌器，其滅菌是利用重力置換的原理，使熱蒸汽在滅菌器中從上而下，將冷空氣由下排氣孔排出，排出的冷空氣由飽和蒸汽取代，利用蒸汽釋放的潛熱使物品達到滅菌。

  預真空壓力蒸汽滅菌器的滅菌原理是利用機械抽真空的方法，使滅菌柜室內形成負壓，蒸汽得以迅速穿透到物品內部進行滅菌。根據抽真空次數的多寡，分為預真空和脈動真空二種，后者因多次抽真空，空氣排除更干凈，效果更可靠。

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