四極桿質譜儀通過搭配不同的離子源，四極桿質譜儀則作為一般的分析化學工具使用，同時也可作為直接測量儀器使用。尤其在長期測量中，四極桿質譜儀產生的數據量要顯著小于其他并行測量質譜(飛行時間質譜等)。

  由于四極桿質譜儀的解析能力偏低，因此在確定未知物質時的能力有所欠缺。通過多級質譜，離子在兩組四極桿系統中間通過獨立的腔體進行裂解操作。由此對特定質量的離子所產生的碎片進行分析，可得到該離子的結構信息。

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